木造2階建てより3階建ての方が地震に弱いのですか？

これは誤解です。木造では3階建てにのみ許容応力度計算が義務付けられており、構造の安全性が精密に確認されているのは3階建ての方です。松尾設計室は2階建てにも許容応力度計算を全棟実施し、耐震等級3を確保しています。